卢定军(马德钟 饰)、沈燕茹(冯文砚 饰)和顾明(袁满 饰)三人终于找到了军火库的大门。卢定军打开大门，发现军火库的大批细菌武器和金银珠宝，大喜过望。他命顾明将这些东西装载到运输车上，而顾明却利用这个机会偷偷在车上安装了定时炸弹，企图释放病毒。麻泗水赶到据点指挥着军统特工们开始行动。卢定军发现了顾明的真实身份，将其一枪毙命，准备离开之际才发现顾明在两辆车上都装了炸弹。此时，麻泗水带着军统特工们和高飞(奇道 饰)等人齐齐包围卢定军等人，并对其开火射杀，不料，卢定军以炸药逼迫开车逃走。军统和共党双方试图抢夺卢定军留下的病毒和珠宝，却得知车上都被装了定时炸弹。军统发现拆弹不成，带队撤离。炸弹很快会引爆运输车，为了龙车百姓的安慰，老宋和贺敏(孙艺宁 饰)驾车离开，金小班(张承 饰)急忙跳上了贺敏的车。卢定军带着珠宝和沈燕茹坐上了逃亡的火车，却不料高飞和沈冰(董维嘉 饰)追来。双方展开了生死之战，一番殊死搏斗后，沈燕茹被沈冰杀死，卢定军被高飞打倒。此时，金小班成功将运输车开到郊外引爆，危机化解，贺敏得救，老宋壮烈牺牲。高飞回到车厢内准备带沈冰离开，却不料此时火车开到了断崖，而沈冰被卢定军用手铐铐住，无法逃脱，危难之际，沈冰将高飞甩下火车，并嘱托高飞一定要救他们的孩子。火车冲下了断崖，高飞摊倒在地。金小班抓了麻泗水逼他供出了高飞女儿的所在，高飞孤身前往救出了女儿高小飞，临出门之际，他们突然遭遇袭击，一个形似沈冰的女人救了他们一命，高飞告诉女儿她妈妈回来了。此时，贺光辉(刘威 饰)收到了一份电报，上级祝贺特工003与他们顺利合作完成任务。
